今気づいたのですが、brタグが<br />じゃなくて、<br>で出力されてるのに気づきました！！
（HTMLとXHTMLのタグの書き方のうんちくトーク中に、自分のサイトをXHTMLの例として見せてた時なんで非常に恥ずかしい思いをしました。Mじゃないので、苦痛しかありませんでした。）
MT4+XHTML仕様の某大物サイトのソースをのぞいて見たら、そこも<br>でしたよ・・・。ちょっとホっとしてしまいました。
バージョン4.1で直ってたらいいな～と思います。
今ベータ版がでてますが、怖いので傍観中です。

来年の１月に正式版が出るみたいなので、楽しみです！