ほぼデフォルトのファイル構成でサイトを作っていたのですが、MTのテンプレートファイルの場所が実際書き出される場所と全然違うことで段々困ってきたので場所を変えました。
テンプレファイルのMT管理画面からのリンク先をどんどん変えていった結果、デフォルトの「tmp」フォルダが消えてしまったのでなんとなく怖かったです。（中身は色んなところに分散しています）

昔→テンプレ：tmp/archives/index/index.html　書き出し先：index.html
修正後→テンプレ：TMPindex.html　書き出し先：index.html